Zona e Dushqeve, që shtrihet në lartësinë 850 – 1200 m mbi nivelin e detit, përfshin një pjesë të madhe të Parkut Kombëtar të Prespës. Në këtë zonë është tipike dominanca e disa specieve të dushqeve si bulgri (Quercus trojana), bungëbuta (Q. pubescens), shparthi (Q. frainetto), qarri (Q. cerris), etj. Këta lloje shoqërohen nga lloje drusore shkurresh si shkoza (Carpinus betulus), mëlleza ( Ostrya carpinifolia), frashëri i bardhë (Fraxinus ornus), murrizi (Crataegus monogyna), thana (Cornus mas), lajthia (Corylus avellana), lajthia e egër (C. colurna), etj.
Pyjet e dushqeve të Parkut Kombëtar të Prespës janë shumë të degraduar për shkak të ndërhyrjes së njeriut. Degradimi lidhet me shfrytëzimin (e paligjshëm) te pyjeve dhe (mbi-) kullotjen e vazhdueshme. Formacioni me bush (Buxus sempervirens), qe është rezistent ndaj kullotjes se blegtorisë dhe qe mund te mbijetojnë ne kushtet e varfërimit te tejskajshëm te tokës nga humusi, janë stadi i fundit i degradimit te pyjeve te dushqeve. Ky formacion mund te gjendet nga Podgoria, Qafe Zvezda deri ne Rakickë dhe Cerje, ne afërsi te kufirit me Greqinë.
Në këtë zonë, në tokat e thata dhe kryesisht ne shpatet e me kundrejtimi jugor, haset formacioni i veçantë i pyjeve me venjë (Greek Juniper forest formation) që formohen nga Juniperus excelsa. Ky formacion mund te haset ne kodrat afer fshatrave Kallamas dhe Gollomboç. Ky formacion ka qene shoqerim klimaks ne ishullin e Maligradit, por aktualisht atje është zhdukur.
Zona e pyjeve me Ah dominohet nga Fagus sylvatica dhe është zona më natyrore nga të gjitha zonat aktuale të bimësisë, për arsye se ndikimi i njeriut ka qenë fokusuar kryesisht në prodhimin e druve të zjarrit. Këta pyje janë përdorur më pak për kullotje për shkak të lartësisë së madhe nga niveli i detit dhe nevojave për dru zjarri. Pyjet e ahut përngjajnë me vegjetacionin klimaks natyror të kësaj zone. Pylli i ahut, në dallim nga pyjet e dushqeve, ka prodhimtari më të lartë kur trajtohet me prerje selektive, ndërsa prerjet rah ne sipërfaqe të mëdha ulin prodhimtarinë e pyjeve. Çeltirat e kësaj zone pyjore po mbulohen gradualisht me bimësi nga stadi i suksesioni të dëllinjave, për shkak se ahu nuk mund të mbijë në kushtet e dritësimit të plotë dhe kërkon hijezim për t’u rritur. Në veçanti në pjesën e sipërme të zonës aktuale të ahut grumbujt pyjorë janë të fragmentuar. Në disa pjesë të Parkut Kombëtar të Prespës pylli i ahut po degradohet për shkak të presionit nga prerjet e paligjshme për dru zjarri dhe nga mbikullotja.
Shumica e sipërfaqes mbi 1650 m nga niveli i detit është e mbuluar nga kullotat e livadhet malore sub-alpine. Vetëm disa vatra me ahishte dhe disa grumbuj me drurë të rinj rrobulli (Pinus heldreichii) janë të pranishme në këtë zonë deri në lartësinë 1990 m nga niveli i detit. Për shkak të mungesës së drurëve të vjetër të rrobullit dhe proceseve të suksesioni të ngadalshëm të grumbujve të rrallë të ahut, kullotat malore sub-alpine përngjasojnë me një vegjetacioni sub-klimaks. Pyje të fragmentuar rrobulli gjenden vetëm në krahun verior të majës Magaro në anën e Maqedonisë. Ky tip pylli ka një tendencë shtrirje shumë të ngadaltë, çka do të thotë se pa ushtruar ndërhyrje nga ana e njeriut, pritet që kullotat e kësaj zone të jenë të qëndrueshme për një kohë shumë të gjatë